اداره کل امور آموزشی دانشگاه به منظور ایجاد هماهنگی بین ادارات آموزش دانشکده‌ها و سایر واحدهای ذیربط برای اجرای صحیح مقررات و آیین‌نامه‌های آموزشی و همچنین انجام امور اداری دانشجویان فعالیت نموده و امور محوله را مورد رسیدگی و اقدام مقتضی قرار می‌دهد.

این ادراه با داشتن سابقه طولانی و دارا بودن یک مدیریت، و دو اداره، انجام وظایف محوله در رابطه با امور پذیرفته‌شدگان، دانشجویان و فارغ‌التحصیلان از جمله: برنامه‌ریزی و هماهنگی ثبت نام پذیرفته‌شدگان آزمون سراسری، بررسی و اقدام گزارش‌های فارغ‌التحصیلی دانشجویان، امور معافیت تحصیلی و نظام وظیفه دانشجویان ذکور مشمول، بررسی درخواست انتقال دانشجویان دانشگاه‌های دیگر به دانشگاه مراغه، تهیه و ارسال بخشنامه‌های آموزشی، مکاتبات لازم با واحدها و ادارات داخل دانشگاه، دانشگاه‌ها، ادارات مربوط به وزارتخانه‌ها، سازمان‌های بیرون از دانشگاه و ... را به عهده دارد.

این اداره کل یکی از زیرمجموعه‌های حوزه معاونت آموزشی و پژوهشی دانشگاه می‌باشد.